В Пущино преобладает умеренно континентальный климат. Зимы продолжительные и холодные. Самый холодный месяц Январь со средней температурой -7,5 градусов.

Лето теплое и короткое. Самый теплый месяц Июль со средней температурой +19 градусов.

Среднее годовое количество осадков составляет 610 мм.