Флаг Пущина — официальный символ городского округа Пущино Московской области Российской Федерации.

Флаг утверждён 12 июля 1999 года и внесён в Государственный геральдический регистр Российской Федерации под номером 499.

 «Алое полотнище с отношением ширины к длине 2:3, несущее изображение фигур герба города с синей полосой вдоль верхнего края в 1/3 флага».

Обоснование символики:

Белые звёзды символизируют радиоастрономическую обсерваторию Физического института им. П. Н. Лебедева, расположенную в городе.

Трилистник символизирует былой статус города, как центра биологических исследований АН СССР.

Голубой цвет — природа Подмосковья, река Ока, честь, красота и добродетель.

Серебряный (белый) цвет — простота, совершенство, мудрость, благородство, мир, взаимосотрудничество.

Красный цвет — жизнеутверждающая сила, энергия и красота.

Решение Совета депутатов города Пущино Московской области от 12.07.1999 № 179/45.